Entre as preocupações levantadas pelos especialistas estão o risco de que o novo texto abra um precedente para a privatização de parte das atividades pedagógicas, e que, caso não haja um trabalho de formação específico no ensino fundamental 2, os estudantes podem sair prejudicados caso não estejam preparados para definir um "itinerário formativo" no início do ensino médio, quando eles têm, em geral, 15 anos, e podem não estar preparados para tomar essa decisão. Para o conselheiro nacional da Educação Cesar Callegari, a reforma tem, ao mesmo tempo, partes positivas e problemas graves. Callegari diz que a proposta da flexibilização é boa, porém, há cinco anos, o governo criou o programa Ensino Médio Inovador com objetivo parecido e ele “empacou” por falta de recursos. Por isso, para a reforma sair do papel, é necessário investimento.